但是表面上的友好并不抹平两国之间在领土权益上的纠纷，就在智利和秘鲁两国其乐的背后，双方的军队却已在边境之上展开了剑弩张的对峙。秘鲁海、陆、空三军开始从各个军区调锐赶赴南线战场。玻利维亚方面也开始动员的步兵分队一线阵地，而智利军方则在南线战局吃的情况依旧在北边境之上保留着2个主力陆军师。同时空军剩余的f―16型战斗机也全集中到北线，除了躲避阿廷空军的打击之外，威慑秘鲁和玻利维亚显然也是他们所承担的主要任务之一。

对于秘鲁的来势汹汹，智利政府显然已经觉到了避无可避。关于领海的划分已经写了智利宪法，如果秘鲁海军这一海域那无疑就意味着侵，战争将不可避免。事实智利上长期不接受谈判这一问题的初衷是认为海上的边界已经通过一项渔区的协定确定了，但是秘鲁政府不承认它是一个边界条约。在漫长的仗之后，兵戎相见似乎已经势在难免。不过经历了麦哲海峡的惨败之后，智利海军已经严重失血，再也无力组织起庞大的舰队行海上迎击。智利海军仅能派2艘以列生产的“萨尔”4型导弹艇行象征的拦截。与此同时智利空军署在康多斯空军基地的智利空军第一旅（智利空军的旅相当于国空军的飞行联队）第三飞行中队的f―16型战斗机随即升空。不过这些战机的目标并不是支援海上的战斗，而是那些正速扑来的

世界上因为战争而形成领土、领海纠纷问题并不在少数，但是像秘鲁与智利两国之间长达100多年的纠纷却不多见。虽然1883年秘智两国发生的太平洋战争结束后，两国签署了《安孔条约》，后来又在1929年签署了《利条约》，解决了两国的领土划界问题。但是，这两个条约都没有提及两国领海划分问题。

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纠纷海域丰富的渔业资源是秘智两国争夺该海域的主要原因之一。前些年，智利对纠纷海域的秘鲁渔船只是扣押遣返，而现在智利宪法明确规定了纠纷海域为己所有，智利就可以据此兵“保卫”本国领海。那么如果秘鲁的渔船再次该海域，有可能引起军事冲突。而仅对比秘鲁和智利海军的实力，秘鲁无意于劣势。因此乞求于海牙国际法的裁决便成为了唯一的路。但是随着阿廷对智利的猛烈攻势，秘鲁显然也显得底气十足。

家快递公司将书籍送还秘鲁。智利国家图书档案和博馆长妮维亚.帕尔在将这些书籍移秘鲁官员的同时表示此举“集中现了我们关于建立两国间兄弟般合作关系的承诺”。对于智利的这一举措。秘鲁外长何,加西亚.贝朗德也虚以委蛇对智利归还书籍表示谢。他说，两国需加合作，增友谊。

两国领土的划分是以秘鲁的柳塔河大桥和智利的阿里卡铁路的中间地区向东，以玻利维亚行政首都拉斯为基，划一条斜线。然而，也正是这条“斜线”给两国带来了日后的领海纠纷。

而随着阿廷陆军对乌拉圭的全面控制，西政府在最后关选择了退让。无疑使得原本便于战争边缘的智利北边境局势更为恶化。就在阿廷军政府宣布于乌拉圭国内张的局势的考虑，接受乌拉圭总统特列的“邀请”向乌拉圭派遣地面队之时，秘鲁总统阿兰.加西亚随即表示，由于秘智两国海疆划分问题长期得不到解决，秘鲁政府决定将不等海牙国际法裁决结果。既照秘鲁方面的理解划定与智利之间的领海权益。秘鲁海军将派遣战舰为在本国领海内作业的渔船提供保护，同时准备抗击任何国家对本国领海的侵。秘鲁国防长阿兰.瓦格纳则声称：“如果智利的f－16型战斗机敢于靠近国境，那么我们的幻影2000型战机也随时准备升空。”

智利于1947年提两国的领海边界线与赤平行，向太平洋延伸200海里；而秘鲁要求据两国陆上边界线的走向，向太平洋延伸200海里作为领海边界线。由于两国的陆上边界线是条“斜线”，因此，据两国海上边界线划分主张，就现了一个约3.5万平方公里的有争议海域。秘鲁国会2005年11月通过了一项领海基准线法案，重新确定秘鲁200海里领海范围。但是2006年初，智利政府宣布纠纷海域为智利所有，并写宪法。对此秘鲁政府只能再次提其上述划分两国海疆的主张，并对智利的法提抗议。

就在秘鲁总统阿兰.加西亚发表声明的同时，一支规模庞大的秘鲁海军舰队已经在海上集结，并开赴两国有争议海域。这支由秘鲁海军旗舰“格劳海军上将”号巡洋舰率领的庞大舰队，拥有”卡瓦哈尔”级（意大利制狼级改型）护卫舰3艘、“卡斯”级（德制209/1200级）潜艇3艘，“贝拉德”级（法制pr－72级）快艇4艘从圣洛索岛海军基地发，途中这支舰队还会合了由3艘“派塔”级坦克登陆舰为主组成的两栖登陆舰队，这无疑使得这次宣示主权的海上行动的最终目标更为复杂化。