。苏峻率二万人渡江，冲开渚(今采石矶)的防线，绕到都城东北，据蒋陵和覆舟山，打败了守将卞壶的队。突破青溪大栅，居临下，因风纵火，台城及诸营寺署一时尽。苏峻因攻占覆舟山而夺得胜利，控制了东晋朝廷。晋安帝元兴二年(403年)，荆州刺史桓玄篡晋，国号楚，史称"伪楚之"。三年，彭城内史刘裕等讨桓玄，率二州之众1700人，由京(今镇江市)西至覆舟山东。桓玄守将卞范之等二万余人，在覆舟山西面，严阵以待。刘裕先采取虚张声势的办法，派士卒登山张旗，给卞军造成错觉，然后，"破釜沉舟"，决一死战。攻前，命将士饱餐一顿，丢掉余粮，轻装待发，攻击开始，又先士卒，因此，将士无不以一当百。攻上山时，正值东北风急，因风纵火，顿时，烟炎熛天，鼓噪之声震动京邑，打得卞范之的队大溃。桓玄被迫从长江路逃走。

六朝的城(台城)离覆舟山很近，覆舟山周围的土地属于上层贵族活动的范围。覆舟山的南面原来有一个西池，是东吴太孙登的园林，也称太湖。晋明帝为太时重修西池，在里面训养武士。东晋的北郊坛(地坛)也在覆舟山之南。西面是东晋的芍药园，每年栽芍药川供廷用药。

刘宋代晋以后，把覆舟山下的北郊坛移到城之北，辟为乐游苑，把西池也圈在里面，改名乐游池(其范围当在小营以北)。宋文帝刘义隆又以覆舟山以西之地为北苑，兴建楼观，经常召集群臣宴游赋诗，盛极一时。宋孝武帝刘骏时，在乐游苑内兴建正、林光两殿，还在山凿藏冰井，每年冬天采冰储存，供廷夏天使用。这些建筑到梁武帝晚年，因侯景叛，兵困台城，遭受严重破坏。陈霸先建国以后，又重加修建。陈宣帝太建七年夏，因"甘"频降，在覆舟山上兴建一座甘亭，采集"甘"，以宴群臣。南朝有名的文人如鲍照、颜延之、谢灵运、范晔、沈约等都在覆舟山、乐游苑活动过，留下不少绮丽的诗篇。

覆舟山下还建过佛寺。青园寺为东晋末年兴建，刘宋时改名龙光寺。僧竺生在这个寺居住过，后因其译著的佛经，对某些教义的领悟，与众僧不同，被视为异端邪说，受到攻击，愤而离开。法圆寺为刘宋时兴建。齐东昏侯永元二年，西平将军崔慧景反，攻乐游苑，屯兵法圆寺。崔慧景虽是武将，也尚清谈，下发生争执，他不去解决，却坐在寺内与客人大谈佛理，结果，下叛离，兵败被杀。

覆舟山下也有墓地，据《建康实录》记载，晋永嘉六年，征南将军、荆州刺史山简死后，归葬于覆舟山之。一个小小的覆舟山周围有这么多的园林和建筑，其盛况可想而知。可惜隋杨广灭陈时，这个六朝形胜之地，竟遭到摧毁的破坏，只剩下一些残存的庙宇。

民国年间，在此建玄奘塔。玄奘塔下葬有唐代僧玄奘的分骨舍利。唐玄奘原葬于西安终南山紫阁寺塔，该塔后毁于战火。刘宋朝天圣五年(1027年)，建康天禧寺和尚可政去紫阁寺，寻得玄奘骨，带回建康(今南京)，埋于城南天禧寺。清咸丰年间，寺塔均毁于战火，玄奘灵骨下落不明。1943年2月，侵华日军森队在玄奘塔一带建"稻垣神社"，施工中挖玄奘骨，日本人占为已有，后经汪伪政权再三涉，最终只留分给中方。1943年2月23日，举行玄奘法师佛骨移仪式，灵骨由汪伪外长褚民谊接收，安置于九华山玄奘寺供奉。1944年覆舟山建玄奘塔，为5级4面砖塔，南面门楣上刻有"玄奘塔"三字，底层须弥座上刻有"玄奘法师灵骨"六字。由于玄奘法师为中国佛教的发展了重大贡献，唐太宗曾亲自为他所译的佛经作序。他不畏艰险、矢志不渝的神激励了千万中国人。

沈一凡等人一路而上，在覆舟山中穿行了半日之久，始终没有看什么端倪。因为覆舟山从古到今的地里特殊位置，他怎么也想不到玄武谜葬的会在覆舟山上。